Die Pfarrei Allershausen umfasst das Gebiet auf dem linken Ufer des mittleren Ampertales. Auf der rechten Seite der Amper an der Strasse nach Freising gehört lediglich der Weiler Göttschlag zur Pfarrei. Das Dorf Allershausen selbst mit der Pfarrkirche(St. Josef) liegt dort, wo die Glonn in die Amper mündet. Zur Pfarrei gehören sodann die Filialkirchen Aiterbach (St. Briktius), Unterkienberg (St. Peter und Paul) und Leonhardsbuch (St. Leonhard), mit denen je ein Friedhof verbunden ist. In Oberkienberg befindet sich eine Privatkapelle (St. Vitus). Noch im 19. Jahrhundert war die Filialkirche Walterskirchen Teil der Pfarrei, ebenso Thurnsberg, ja sogar (bis 1852) der Weiler Salmading bei Reichertshausen/Ilm.
Die christliche Religion hat seit der Besiedlung der Gegend das Leben der Bewohner geprägt. Sie widerspiegelt sich zunächst in den kirchlichen Strukturen, die seit dem Frühmittelalter bestehen. Ein Priester Salomon übergibt in Aiterbach 782 sein Erbe an die Kirche von Weihenstephan. Ein Priester namens Rudolf von Allershausen wird im Jahre 814 erwähnt, als er das Erbe seiner Eltern an das Domstift Freising überträgt. Um diese Zeit war Allershausen Gerichtsstätte, wo Grafen Gericht abhielten. Die Kirche von (Unter-)Kienberg kommt 822 ebenfalls an das Domstift Freising.
Das Innere der Kirche von Allershausen
Das Innere der Kirche ist einschiffig. Der Chor ist geradlinig abgeschlossen. Vier Kuppeln dienen als Eindeckung. In der Ausstattung zeigt sich ein Gemisch von Barock und Empire. Die Kuppel über dem Altarraum zeigt die Berufung des hl. Joseph. Die beiden Kuppeln, die den Hauptraum der Kirche überspannen, stellen die Vermählung und den Tod des hl. Joseph dar. Die Vermählung ist ein Werk des bekannten Münchener Malers Michael Denzel (1778). Die ovalen Bilder in den Gewölbezwickeln zeigen die vier Kirchenlehrer: Augustinus, Ambrosius, Hieronymus und Gregor d. Gr. Die vierte Kuppel über der Orgel führt uns in die Landschaft um das Allershausener Gotteshaus mit seinen drei zugehörigen Filialkirchen. St. Joseph, der Fürbitter, blickt zum Kreuz empor, neben dem Gott Vater und Christus thronen, und bringt die Anliegen der unten dargestellten Menschen vor Gott. Das Bild im Hochaltar stellt wiederum den Kirchenpatron dar mit dem Jesuskind auf dem Arm. Zu seinen Füßen öffnen zwei Engel einen Blick auf die Umgebung der Pfarrkirche im Jahre 1779.
In einem Medaillon über dem Hauptbild ist der hl. Martin, der Patron der Vorläuferkirche, zu sehen. Neben den wuchtigen Säulen stehen überlebensgroß die hl. Afra (verweist auf die Beziehung zu Augsburg) und rechts die hl. Katharina. Den barocken Drehtabernakel ziert oben ein Pelikan, der seine Brust öffnet, um seine Jungen zu nähren. Links und rechts davon knien zwei Engel aus der Werkstatt Ignaz Günthers. Der linke Seitenaltar zeigt die Berufungsvision des hl. Johann v. Matha zur Gründung des „Ordens von der Allerhl. Dreifaltigkeit zum Freikauf christlicher Gefangener“, des „Trinitarierordens“. Links und rechts sehen wir Darstellungen der Heiligen Florian und Sebastian. Im Bild des rechten Seitenaltars wird der hl. Norbert, Gründer des Prämonstratenser-Ordens, vom Teufel versucht. Das Medaillon darüber zeigt eine Darstellung der Hl. Dreifaltigkeit; denn dieser Altar war der Votivaltar der Dreifaltigkeitsbruderschaft. Die Figuren zu beiden Seiten stellen vermutlich Johann von Matha und Felix von Valois, zwei Trinitariermöchne, dar.
Neben dem Missionskreuz auf der linken Seite des Kirchenschiffes ist eine Gedenktafel mit dem Bildnis Abt Josephs von Neustift, des Erbauers der Kirche und der damaligen Schule, angebracht. Ebenso ist dort auch in die Wand eingelassen der Gedenkstein der Kirchenweihe 1783.
Auf derselben Seite erinnert ein Gedenkstein, der sich früher in der Sakristei befand, an den Ritter Hans Sickenhauser.
Er baute auf dem "Freithofe" zu Allershausen eine Hl.-Geist-Kapelle, die mit der Kirche in Verbindung stand. Neben der Inschrift ist Sickenhauser mit entblößtem Haupte kniend dargestellt.
Die Inschrift lautet: "Dz gottshaus hat machen lassen Hans Sychenhauser der eze vr Kastnär ezw. cransperg gottczu lob vn czu er un alle gelaubige sele un sei vorvorderen 1473."
Auf dem Schalldeckel der Kanzel thront Gott Vater mit der Weltkugel.
Beim Ausgang hängt das wertvolle Kruzifix aus der Schule des Landshuter Meisters Hans Leinberger. Seit 1986 wird das Kreuz von zwei Riemenschneiderrepliken einer Muttergottes und des hl. Johannes unter dem Kreuz flankiert.
Im Jahre 1953 wurde unter Pfarrer Lothar Wolferseder die alte mechanische Orgel durch eine pneumatische mit 24 klingenden Registern ersetzt.
Verkündigungsengel aus der Sakristei. Dieses Fresko wurde entdeckt, als an einer Stelle in der Sakristei der Kalkanstrich abblätterte. Die jetzige Sakristei war früher der Altarraum, worauf auch das feine Stuckgewölbe hinweist.
Das derzeitige Geläute besteht aus sieben Glocken. Vom ursprünglichen Geläute aus Bronze sind nur noch die größte, die Dreifaltigkeitsglocke, und die kleinste, das Totenglöcklein, erhalten. Die große Glocke, die mit drei anderen 1943 vom Turm geholt worden war und zu Rüstungszwecken eingeschmolzen werden sollte, wurde vom „Spangler Hans“ in einer Hamburger Gießerei wieder aufgefunden und zurückgebracht. Kurz vor der Währungsreform schaffte die Pfarrgemeinde unter Pfarrer Franz X. Leeb fünf Stahlglocken aus der Gießerei des Bochumer Vereins an, die auf das Tedeum-Motiv abgestimmt sind.
Christkönigsglocke (77 Ztr.), Ton A
Josephiglocke (45 Ztr.), Ton C
Liebfrauenglocke (33 Ztr.), Ton D
Michaelsglocke (19 Ztr.), Ton F
Vitusglocke (14 Ztr.), Ton G
Dreifaltigkeitsglocke (45 Ztr.), Ton C
Totenglöcklein ( 8 Ztr.), Ton Es
Die Kirche außen
Beim Anbau 1892 wurde die barocke Fassade weitestgehend beibehalten. Turm und Dach sind mit englischen Schieferplatten gedeckt, die auf der Südseite des Jesus-Monogramm (IHS) und auf der Nordseite das Marien-Monogramm (AMR) tragen.
Im Mauerwerk der Nordseite finden sich drei Gedenktafeln an verstorbene Priester der Gemeinde. Ebenso erinnert ein weiterer Gedenkstein an einen Maurer, der beim Bau der Kirche vom Dach stürzte und dabei unversehrt blieb, weil sich seine Kleidung in einem Grabkreuz verfing.
Seit 1986 schmückt die Fassade eine Replik der Muttergottes im Rosenkranz von Tilman Riemenschneider; oben der hl. Josef (Pfarr- und Kirchenpatron), rechts der hl. Norbert (Gründer des Prämonstratenserordens), links der hl. Korbinian (Patron des Erzbistums).