In beherrschender Lage zwischen Chiemsee und Simssee, heute dicht an der Autobahn München-Salzburg, Ausfahrt Achenmühle, gab die außergewöhnliche Höhensituation eines Moores der ersten Ansiedlung den Namen. Die Erwähnung von "Huinmoos" im Verzeichnis des Salzburger Erzbischofs Arn um 788 bringt die Ortschaft mit den ältesten Siedlungsnamen des Landkreises in Verbindung. Vielleicht stammte von hier auch der Teppichwirker "Siboto Chenich von Hohemos", der für die romanische Klosterkirche von Wessobrunn zwei große Wandteppiche anfertigte.
Höhenmoos war ursprünglich eigene Pfarrei und seit dem Mittelalter Filiale der Pfarrei Rohrdorf. Zu Anfang unseres Jahrhunderts hatte der Kooperator jeden zweiten Sonntag einen Gottesdienst hier zu zelebrieren. Nach dem 1. Weltkrieg waren die Verhandlungen so weit gediehen, daß eine Selbständigkeit wieder in Sicht war. Durch Grunderwerb für die Kirchenstiftung konnte man 1922 ein Expositurhaus errichten (Plan 1921 von Schauer, Achenmühle). Am 15. Februar 1923 erfolgte die kanonische Errichtung der Pfarrei Höhenmoos durch Michael Kardinal von Faulhaber. Seither wirkten hier als Pfarrer: Matthias Schmidhofer (1923-40), Laurentius Böhm (1940-52), Anton Heimrath (1952-69), Günter Sponar (1969-77) und seit 1977 Georg Gilgenrainer. Ab 2010 ist die Pfarrei Höhenmoos in den Pfarrverband Rohrdorf eingegliedert.
Die erste Schule wurde 1859 eingerichtet. Aber wie so oft im ländlichen Raum mußten einige Errungenschaften der Selbständigkeit im letzten Jahrzehnt abgegeben werden: Die Schule wurde verlegt, die politische Gemeinde 1978 in die von Rohrdorf eingemeindet.
Wie bei Landkirchen üblich, ist auch hier eine genaue Datierung des ersten Kirchenbaus nicht möglich, weil die Urkunden dazu fehlen. Dem heutigen Baubefund nach zu schließen, wurde die auf der höchsten Erhebung des Moränenrückens am Nordrand des Dorfes befindliche Kirche noch in der Romanik (12./14. Jh.) erbaut, wovon sich zumindest die Südmauer des Altarraumes erhalten hat. In der Spätgotik (letztes Viertel 15. Jh.) wurden Turm, Altarraum und Langhaus neu gestaltet, wobei letzteres 1737 um zwei Joche verlängert wurde.
Bei der in den letzten Jahren durchgeführten Gesamtrestaurierung der Pfarrkirche (1980/81 Dachstuhlerneuerung, 1982/85 Innenrestaurierung) ließen die Pfarrangehörigen durch Eigenleistung und finanzielles Opfer ihr Gotteshaus in der Harmonie der verschiedenen Stile zu neuem Glanz erstehen - Zeugnis einer lebendigen Kirche.