Die Pfarrkirche Mariä Geburt ist ein stattlicher Barockbau, in ihrer Größe der Bedeutung des Marktes angemessen. Ein großer Turm auf quadratischem Grundriss mit drei Geschossen, die Ecken von Pilastern eingefasst, markiert sie. Das oberste Turmgeschoss ist schlanker als die unteren, es wurde mit der Barockhaube 1763 von J. Lethner hinzugefügt. Die schwere geschweifte Haube kommt ähnlich in der Gegend öfters vor. Sie kann von der Haubenkuppel des schönen Turmes in Erding abgeleitet werden. Der Kirchenraum schließt sich östlich an den Turm an. Er ist durch die fortlaufende Gebälk- und Pilastergliederung mit diesem verbunden. Die Pilaster heben sich gelblich-weiß vom rötlichen Ton des Mauerwerks ab. Schlanke Rundbogenfenster und blinde Ovalfenster darüber gliedern die Wand. Die Außenerscheinung der Pfarrkirche wirkt durch ihre Proportion und strenge Gliederung festgefügt, feierlich und stattlich.
Denselben Eindruck vermittelt das Innere. Die Kirche wurde als übersichtlicher rechteckiger Saalraum gestaltet, überwölbt von einer Flachtonne mit Stichkappen. Der Chor ist eingezogen. Durch große rundbogige Fenster flutet von beiden Seiten helles Licht in den Raum. Entsprechend der Außengliederung sind auch innen die Zwischenfensterstücke mit Pilastern besetzt. Diese stehen auf hohem Sockel vor einem Schildbogen. Die Pilasterkapitäle sind konkav geschweift. Diese Schweifung teilt dem sonst starren Wandsystem einen dynamischen Schwung mit. Der Triumphbogen ist architektonisch nicht betont. Er zieht sich als glattes Mauerband, das in seinem unteren Teil Hintergrund für die Seitenaltäre ist, zwischen Langhaus und Chor. Diese Behandlung des Triumphbogens ist ein typisches Kennzeichen altbayerischer Barockarchitektur. Die Altäre werden dadurch optisch zusammengezogen und wirken so zusammengehörig bildhaft
. In Wartenberg ist dieser Eindruck verstärkt durch die zusätzlichen Seitenaltäre, die an den Längswänden parallel zur Wand stehen. Mit diesen spiegelbildlich gleichgestalteten Altären greift die durch Plastik und Malerei gestaltete Zone der Heiligen vom Chor in das Langhaus aus und bindet so die Gemeinde starker an den Gottesdienst am Altar. (diese Altaraufstellung kommt um 1730 öfters vor, so z.B. in Mering bei Augsburg, Pfk.).
Die Altäre sind Werke eines noch unbekannten, vermutlich in Erding oder Freising ansässigen Bildhauers. Der erste Altar links ist den Engeln geweiht und trägt die Figuren der Erzengel Gabriel, Michael und Raphael. Die Kanzel ist ein Werk der Kistlerkunst um 1730. Sie wird gekrönt von der sehr guten spätgotischen Figur des hl. Apostels Paulus. Diese dürfte um 1515 entstanden sein. 1730 wurde sie der Barockausstattung durch eine Blattvergoldung angepasst. Unter der Kanzel spätgotischer Taufstein. Der anschließende Seitenaltar trägt die Figuren der Heiligen Josef und Judas Thaddäus sowie Engel mit den Attributen der Tugenden: Glaube und Hoffnung. Das Altargemälde (um 1884) stellt Maria als Kind mit ihren Eltern Joachim und Anna dar.
Der Hochaltar wurde von Kaiser Karl VII. gestiftet. Er trägt die Statuen der Heiligen Georg, Petrus, Paulus und Laurentius. Die Figuren der Apostelfürsten stehen als bildhauerische Leistung über den anderen Barockfiguren der Kirche. Sie erinnern an die Kunst der Hierndle von Landshut. Das Altargemälde ist eine Kopie nach Raffaels Gemälde Himmelfahrt Mariä von Anton Rick aus Ebersberg 1884. Der Tabernakel stellt in reicher Symbolik das Herz Jesu als Gnadenquelle dar. Engel mit Leidenswerkzeugen rahmen ihn.
Der rechte Seitenaltar; eine Stiftung der sehr bedeutenden Freiherren von Fraunberg (Wappen), zeigt die Figuren der hl. Katharina und Apollonia; das Gemälde, das Martyrium des hl. Sebastian, nach van Dyk. Der Altar ganz rechts im Langhaus ist ein Johannesaltar: Die Figuren der hl. Johannes d. Täufer, Johann von Nepomuk und Johannes d. Ev. sind hier - wie im barocken Bayern öfters üblich - zusammengestellt. Beachtenswert sind die vielen barocken Engel (Putten) an den 5 Altären in malerischer oder plastischer Ausführung. - Im Chor einfaches Gestühl aus der Bauzeit. In der Sakristei eine spätgotische Madonna um 1490, die im Mai, September und Oktober auf den Altar gestellt wird. Im rechten Kircheneingang ein barockes Fresko mit den Armen Seelen im Fegfeuer, das den Eintretenden an Vergänglichkeit, Buße und Gedenken der Verstorbenen erinnern soll. Orgel von Anton Staller (Grafing 1988).
Mit wenig Verständnis für Sinn und Charakter der Pfarrkirche wurde 1863 das Innere verändert. Kopien nach Meisterwerken in berühmten Galerien ersetzten die Originalwerke heimischer Künstler. Eine ungünstige Farbgebung, Ocker statt Rotmarmor für die Altarsäulen, Graugelb für die Gewölbe, beeinträchtigt die Gesamtwirkung. Die großen Deckengemälde dagegen sind, wenn auch fremdartige, so doch interessante Leistungen. Das Bild im Langhaus stellt die Auferstehung der Toten zum Jüngsten Gericht dar. Das Bild im Chor zeigt die Heilige Familie unter dem Schutz Gott-Vaters und des Heiligen Geistes.
Die Pfarrkirche von Wartenberg ist ein Denkmal bayrischer Volksfrömmigkeit und bayrischer Kunst aus der Zeit ihrer höchsten Blüte. Da keine berühmten Künstler an ihr mitgearbeitet haben, zeigt sie die hohe Leistung volkstümlicher barocker Baugesinnung.