Die Nikolauskirche ist das älteste Gotteshaus der Gemeinde. 1272 bat der Abt des Klosters Rott in einem Bettelbrief die Errichtung einer Kirche in Haar zu unterstützen: „... in der Spendung von Almosen zur Bewerkstelligung des Baus einer Kirche in dem Dorf bei München, das Harde genannt wird...“. In der ältesten Beschreibung des Bistums Freising von 1315 ist die Nikolauskirche mit der Pfarrei Bogenhausen aufgezählt. Es wird erwähnt, daß sie schon zu dieser Zeit einen Friedhof hatte, obwohl höchstens vier Bauernfamilien in Haar lebten.
Der 30-jährige Krieg brachte arge Verwüstungen über unser Land. Kein Wunder, dass in diesen langen Kriegsjahren niemand Geld oder Lust hatte, die kleine Kirche instand zu setzen.
1641 bemühte sich Abt Simon von Rott darum, dass die Haarer Kirche wieder dem Kloster unterstellt werde, weil seit mindestens 20 Jahren nichts mehr renoviert worden und der Chor dem Einsturz nahe sei. Diese Bitte wurde vom Bischof Veit Adam zu Freising erfüllt mit der Auflage, die Kirche „für yrzmahls nit allain widdrumben aufrichten und bauen sondern auch fürdershin und allzeit der Notdurft nach ordentlich zu unterhalten.“
50 Jahre später war die Nikolauskirche so baufällig geworden, dass der Pfarrvikar von Trudering die Anweisung erhielt, die Filialkirche von Haar abtragen und das dadurch gewonnene Baumaterial nach Gronsdorf bringen zu lassen. Dass es dann doch nicht so weit kam, verdankt die Nikolauskirche der Tatsache, dass bei ihr eine Begräbnisstätte vorhanden war, was nach damaligem Recht ein Niederreissen der Kirche unmöglich machte. Der Chronist aus Rott am Inn berichtete, dass den Abt des Klosters das Schicksal des heruntergekommenen Kirchleins schmerzte, und da sie auf ein so hohes Alter zurückblicke, nahm er sich voll Erbarmen ihrer an und schickte die Maurer hin, um sie wieder herzustellen.
Eine Kirchenrechnung von 1757 gibt uns einen Aufschluß über die barocke Umgestaltung, die 500 Gulden kostete. Die schmalen gotischen Fensterschlitze wurden durch große Barockfenster ersetzt, eine gewölbte Decke wurde eingezogen, der Eingang umgestaltet und ein neuer Turm am Westgiebel errichtet.
In den Kirchenraum kamen die Altäre und die Kanzel, so wie wir sie heute sehen. Was mit den früheren Altären geschah, wissen wir nicht, aber die Hauptfiguren, der Hl. Nikolaus und die 14 Nothelfer, wurden in die barocken Altäre integriert.
1803 erlosch mit der Säkularisation die 730 Jahre lange Schirmherrschaft des Klosters Rott. Von 1812 liegt uns wieder eine Beschreibung aus der Pfarrei Trudering vor: „Die Filiale Haar ist eine Einöde mit 16 Einwohnern; die Kirche ist dem Einsturz nahe und hat deshalb keinen Gottesdienst mehr.“ 1827 war die Kirche in einem so desolaten Zustand, dass Baron Riedesel, der Besitzer des Setzerhofes, an das Landgericht München das Ersuchen stellte, die längst geschlossene Kirche abbrechen zu dürfen; er benötigte die Steine als Baumaterial. Der Besitzer des Wirtshofes, Franz Bibinger, protestierte gegen den Abbruch der Kirche und erklärte 1827 protokollarisch, keine Kosten zu scheuen, um die Kirche zu erhalten und aufzubauen. Franz Bibinger hielt Wort und richtete die Kirche wieder her. Weil das Mauerwerk so schlecht war, trug man das Kirchenschiff um etwa 1/2 Meter ab und setzte einen neuen Dachstuhl auf, der heute noch erhalten ist. Der barocke Turm wurde durch den jetzt vorhandenen Glockenträger ersetzt. Im Oktober 1830 gab man die oberhirtliche Erlaubnis zur Abhaltung von Gottesdiensten.
Nach dem Bau der Konradkirche 1933 wurden in der Nikolauskirche keine Gottesdienste mehr gehalten. Ihre Türe blieb über Jahrzehnte verschlossen; notwendige Reparaturen unterblieben, weil die neugebildete Kuratie Haar genug zu tun hatte, Mittel für ihre große Kirche aufzubringen.
Erst 1971 entdeckte Kaplan Rupert Frania das altehrwürdige Bauwerk für die Haarer neu. Man war erschrocken, in welch schlechtem Zustand es sich befand: Das Mauerwerk hatte überall Risse, der Putz bröckelte von den Wänden und durch die dauernde Feuchtigkeit im Kircheninnern war die Farbe von Altären und Figuren geblättert. Viele Haarer Bürger waren nun interessiert, die Kirche vor dem Verfall zu retten, wie es im Laufe der Jahrhunderte schon mehrmals geschehen war.
Die Pfarrjugend klopfte den schlechten Putz herunter und legte ringsum einen Graben an, um die Kirche auszutrocknen. Afred Wildmoser opferte seine Freizeit, um zusammen mit dem Haarer Maurer Mesch in monatelanger Kleinarbeit das beschädigte Mauerwerk historisch getreu mit Feldsteinen und Ziegelbändern zu restaurieren. Endlich wurden auch die Mittel für eine Baufirma genehmigt; nicht zuletzt durch die Intervention der Gronsdorfer Bäuerin Therese Wieser. Die Gesamtkosten der Renovierung beliefen sich immerhin auf 350.000 DM.
Baustil und Grundriß der Kirche entsprechen einer schlichten romanischen Landkirche mit einschiffigem, rechteckigem Langhaus und eingezogener Halbkreisapsis. In der Zeit der Gotik und des Barocks wurde die Kirche mehrmals verändert. Aus der romanischen Zeit stammen noch die südlichen Blendarkaden an der Außenseite und das Rundbogenfenster in der Apsis. Die östlichen und nördlichen Blendarkaden der Apsis wurden im gotischen Stil erneuert. Zur Stützung des romanischen Chorbogens wurde ein gotischer eingemauert. Weiter stammen aus der Gotik die Mensa des Hauptaltares, die Mensasockel der Seitenaltäre, die auf dem alten Ziegelboden errichtet wurden, und das Kirchenportal.
Der Hochaltar ist eine Komposition verschiedener Stilelemente. In einem barocken Schreinerwerk befinden sich das Bild des hl. Benedikts (ca. 1720), vier Renaissance-Engel (spätes 16. Jahrhundert) und eine Holzrelief-Figur des hl. Nikolaus (um 1520). Die beiden Assistenzfiguren sind Johannes der Täufer, um 1720 in der bewegten Form des Barock geschnitzt und Johannes der Evangelist, eine gotische Figur, die in späterer Zeit etwas verändert wurde.
Nikolaus, der Mittelpunkt des Hauptaltars, ist sitzend im bischöflichen Ornat, die Mitra auf dem Kopf, dargestellt. In der rechten Hand hält er den Stab, in der linken ein Buch mit drei goldenen Kugeln. Die Holzfigur stammt sichtlich aus dem Schrein eines anderen Altars und wurde im Zuge der Umgestaltung im 18. Jahrhundert der Kirche von den Rotter Mönchen überlassen. Unser Nikolaus entstand um das Jahr 1520 und könnte dem Umkreis des Meisters von Rabenden zugeschrieben werden.
Die beiden Seitenaltäre haben gute Ölgemälde aus dem 18. Jahrhundert. Im linken Seitenaltar befindet sich eine schöne Darstellung des hl. Sebastian. Einflüsse der Renaissance kommen hier zur Geltung; die muskulöse Malweise deutet daraufhin. Sebastian, der als Palastsoldat Kaiser Diocletians Christ wurde, starb wahrscheinlich unter den Pfeilen der Bogenschützen der Garnison, die vom Kaiser zur Vollstreckung des Urteils abkommandiert worden war. Im rechten Seitenaltar befindet sich Johannes Nepomuk. Der unbekannte Künstler malte ihn so, wie dieser Heilige üblicherweise dargestellt wird: in seiner Priesterkleidung, ein Kreuz in der Hand. Weil er das Beichtgeheimnis nicht preisgeben wollte, wurde er unter König Wenzel IV. aus Böhmen gefoltert und in der Moldau ertränkt. Als "Brückenheiliger" begegnet er uns auf zahlreichen Brücken weit über die Grenzen Böhmens hinaus.
Die Kanzel ist eine einfache Arbeit aus der Barockzeit. Vier kleine Holztafelbilder (St. Helena, St. Josef, St. Maria und Christus als Salvator Mundi) umgeben sie in schlichter bäuerlicher Malerei.