Die Salmdorfer Kirche steht inmitten eines ummauerten Friedhofs und ist geostet. Vom bereits 1315 erwähnten Kirchenbau ist noch das romanische Untergeschoss des Turms mit seinen rundbogigen Blendarkaden erhalten. Das Glockengeschoss mit Pyramidendach bekam der rund 25 m hohe Turm im Jahr 1816. Er wurde in den um 1490 errichteten spätgotischen Neubau einbezogen, der sich aus einem Langhaus mit Satteldach und einem kleineren Chor zusammensetzt. Die Ecken des Chorgebäudes sind durch Strebepfeiler verstärkt, die einen dreieckigen Grundriss aufweisen. Unter dem Dachansatz ist ein Mauerstreifen zu sehen, der – farbig gefasst – das Chorgebäude bandartig umzieht. Der beige Putz des Kirchenbaus weist eine weiß aufgemalte Quaderstruktur auf. Die oben gerundeten Fenster zeigen an, dass die Kirche im 17. Jahrhundert verändert wurde.
Während die Nordseite des Langhauses nur durch rechteckige Strebepfeiler gegliedert ist, springen an der Südseite zudem querhausartig zwei Anbauten mit Zwerchgiebel vor: im Westen die Vorhalle, im Osten die zweigeschossige Sakristei.
Die spätgotische Vorhalle hat ein Netzrippengewölbe. Das östlich anschließende sogenannte „Beinhaus“, in dem einst Gebeine von Toten aufbewahrt wurden, die bei der Neubelegung eines Grabes zum Vorschein gekommen waren, ist seit 1988 Gedenkstätte für die Salmdorfer Witwe Anna Reitsberger und ihrer drei Töchter, die 1893 bei einem nächtlichen Überfall in ihrem Bauernhaus von Unbekannten auf brutale Weise ermordet wurden.
Wie in Ottendichl weist das mit Eisenblech beschlagene Kirchenportal ein ornamentiertes Kastenschloss (um 1720) auf. Das zwei Stufen tiefer gelegene Kircheninnere – Hinweis auf ein hohes Alter – ist in Höhe der beiden Pfeiler der Orgelempore durch ein geschmiedetes Eisengitter aus dem 17. Jahrhundert unterteilt. Wir gehen durch die Gittertür: Da öffnet sich ein lichter, breiter, dreijochiger Saal, der trotz der 1616 erfolgten Umgestaltung seine ursprüngliche, spätgotische Struktur mit flachen Wandpfeilern behalten hat. Er mündet in den niedrigeren und schmäleren, um eine Stufe höheren Altarraum; sein Sternrippengewölbe, das an der Wand von Konsolen aufsteigt und in zwei Schlusssteinen mit dem Wappen Bayerns und dem Monogramm Jesu gipfelt.
Der Chorbogen ist erheblich abgeflacht, um darüber Platz zu schaffen für das um 1600 geschnitzte, gleichsam in die Höhe entrückte Kruzifix. Die Blutströme aus Jesu Wunden werden von Engeln in Kelchen aufgefangen. Der Stuckhintergrund (Wolken, Strahlenbündel, Engelsköpfe) kam nach mehr als 100 Jahren dazu und ist – wie der übrige Chorbogenstuck mit seinen auf den Lebensbaum anspielenden Ranken – vermutlich ein Werk des damals in der Pfarrkirche in Ottendichl tätigen Johann Schwarzenberger.
Der frühbarocke Hochaltar aus der ersten Hälfte des 17. Jahrhunderts ist als Triumphbogen gestaltet. Er umschließt in seinem Schrein das qualitätvolle spätgotische Bildwerk der thronenden Gottesmutter Maria als Himmelskönigin mit dem Jesuskind auf dem Schoß. Durch den spannungsvollen Schwung der Faltenfurchen und den üppigen Mantel erhält die kunstvolle Darstellung mit Strahlenkranz etwas von einer eindrucksvollen himmlischen Erscheinung. Im 17. und 18. Jahrhundert war sie ein viel besuchtes Wallfahrtsziel.
Neben der linken Hochaltarsäule steht das barocke Standbild des Bischofs Nikolaus von Myra (mit drei Kugeln), neben der rechten Säule ist die barocke Figur des Bischofs Ulrich von Augsburg (mit Fisch) zu sehen. Im Giebel des Hochaltars ist als Halbfigur Gott-Vater auf einem Wolkensockel dargestellt, von je einem Cherub flankiert. Unter dem Gnadenbild ist der barocke Tabernakel aufgestellt. – Ein dreiteiliges, hölzernes Antependium, das im 18. Jahrhundert an der Stirnseite des Hochaltartisches angebracht worden war, befindet sich vorübergehend hinter dem Hochaltar.
Die Holzaufbauten der Seitenaltäre (erste Hälfte des 17. Jahrhunderts) weisen die Form einer flachen, säulenlosen Ädikula auf. Sie sind leicht schräg gestellt, um den Blick zum Hoch- und Gnadenaltar weiterzuleiten. Auf den Giebeln jubilieren je vier Engel. Die Seitenaltarbilder wurden 1846 von Franz Auth gemalt. Im Rechteckgemälde des linken Seitenaltars schwebt die jugendliche Maria als Immaculata, mit einem Sternenkranz um das Haupt und der Mondsichel unter den Füßen. Die barocken Seitenfiguren aus Holz stellen links „Anna selbdritt“ dar (Anna mit ihrer Tochter Maria und ihrem Enkel Jesus auf den Armen) und rechts Elisabeth von Thüringen, welche Brot an die Armen verteilt. –
Der rechte Seitenaltar führt Joseph als Nährvater Jesu vor Augen; der blühende Stab in seiner Linken demonstriert seine Berufung. Die beiden Seitenfiguren stammen aus spätgotischer Zeit (um 1510/15) und werden als Werke aus dem Umkreis eines bedeutenden Bildschnitzers eingestuft, der – da namentlich nicht bekannt – von der Forschung nach einem seiner Hauptwerke als „Meister des Hochaltars von Rabenden“ bezeichnet wurde. Es spricht einiges dafür, dass er mit dem in München ansässigen Bildhauer und Maler Sigmund Haffner (ca. 1465/70 – 1527/29) identisch ist. Dargestellt sind die beiden, als Wetterpatrone geltenden römischen Märtyrer und Brüder (nicht Apostel!) Johannes und Paulus, von denen sich einst Reliquien in der Kirche befanden. Als kaiserliche Hofbeamte sind sie vornehm gekleidet; möglicherweise verkörperten sie ursprünglich das hl. Ärztepaar Kosmas und Damian.
Die Kanzel (Südwand) weist an der Brüstung ein Relief der Patrona Bavariae (20. Jh.) auf. An der Nordwand steht eine lebensgroße Holzstatue der Schmerzensmutter Maria aus der Mitte des 18. Jahrhunderts. An der Brüstung der Orgelempore sind neun um 1700 entstandene Gemälde angebracht: im Zentrum die Beweinung des Leichnams Christi durch zwei Engel (sog. Engels-Pietà); links davon die vier Evangelisten Matthäus, Markus. Lukas und Johannes; rechts davon die vier abendländischen Kirchenväter: Papst Gregor der Große, die Bischöfe Ambrosius und Augustinus, sowie Hieronymus.
Die Orgel hat fünf Register und wurde 1839 von Josef Wagner in Glonn angefertigt.
Es kam um das Jahr 1300 auf, dass die neutestamentlich nicht überlieferte Szene der Beweinung des vom Kreuz abgenommenen und (kurz vor der Grablegung) auf dem Schoß seiner Mutter Maria liegenden Leichnams Jesu künstlerisch dargestellt wurde. Diese Szene der Beweinung wurde zum Anlass des mystischen Mitleidens, des Sich-Erbarmens: „Pietà“. Da sich das Ereignis der Beweinung (falls es stattfand!) in den frühen Abendstunden des Karfreitags zugetragen haben muss, wurde dessen Darstellung als Andachtsbild dementsprechend „Vesperbild“ genannt. Trotz der Ablehnung der Beweinungsszene durch reformatorische Theologen lebte das Motiv (Pietà) in der Kunst fort; man denke nur an die Pietà Michelangelos in St. Peter in Rom, an die Pietà Ignaz Günthers in Weyarn, oder an die Pietà von Käthe Kollwitz in der Alten Wache in Berlin und an zahlreiche andere Darstellungen.
Die 1,82 m große Salmdorfer Pietà, um 1340 aus zwei Pappelholz-Werkstücken gefertigt, gehört zu den ältesten erhaltenen Darstellungen dieses Themas. Eine Entstehung im Rahmen der Hofkunst Kaiser Ludwigs des Bayern ist naheliegend bzw. denkbar. Die Art und Weise der Darstellung ist von eindrucksvollem Realismus und übersteigertem Ausdruck geprägt und macht Betrachtende betroffen: Am ausgemergelten Leichnam kann man die Rippen zählen, die Seitenwunde – Symbol der Liebe Jesu – klafft weit auseinander, das Antlitz Marias ist von tiefem Schmerz geprägt. Kennzeichnend für die Salmdorfer Pietà ist auch die diagonal getreppt sitzende (und nicht wie später fast horizontal liegende) Position von Jesu geschundenem und nun erstarrtem Körper, wodurch die Komposition archaisch-direkt wirkt.
Dieses hochgotische Vesperbild, wohl eine der „machtvollsten Schöpfungen deutscher Kunst“, befand sich nicht von Anfang an in Salmdorf. Vermutlich ist diese Pietà nach der Säkularisation (1803) durch die Münchner Metzgerzunft nach Salmdorf gebracht worden; denn die sog. Gruftkirche („Gruftkapell“, Marienhof, München), in der sich die Pietà seit 1443 befand, war zugleich die Zunftkirche der Münchener Metzger. Diese Wallfahrtskapelle wurde – aufgrund der Säkularisation – als überflüssig abgerissen (ca. 1803). Alsdann hat vermutlich die Metzgerzunft, die damals (und bis Anfang 20. Jh.) jährlich nach Salmdorf wallfahrtete, „ihre Pietà“ in Salmdorf unterbringen wollen. - Im 15. Jh. war die Pietà fast in Vergessenheit geraten, bis sie 1612 aufgrund der „Vision und Heilung“ einer Münchner Franziskanerin wieder Zulauf und Beachtung fand. Sie wurde nun mit kostbaren Textilien bekleidet sowie mit Schmuck und Votivgaben behängt. Ursprünglich dürfte das Vesperbild wohl für eine Münchner Bettelordenskirche geschaffen worden sein.
Seit ihrer Entstehung ist die Salmdorfer Pietà entsprechend dem sich wandelnden Zeitgeschmack mehrmals farbig gefasst (bemalt) worden. Bei der Restaurierung von 1933 bis 1936 sind Verfremdungen aus der Barockzeit (Gipsverfüllung am Leichnam Jesu, Maske im Gesicht Marias) entfernt worden. Bei der letzten Restaurierung (1994-2003) hat sich das Bayerische Landesamt für Denkmalpflege v. a. auf eine umfassende Untersuchung und Konservierung beschränkt. Eine Freilegung der mittelalterlichen Fassung war nicht möglich, da sie an den Außenseiten von Marias Mantel fast völlig fehlt. So sehen Betrachtende die Salmdorfer Pietà in einer - bewusst nicht mehr vervollständigten – Fassung des 19. Jahrhunderts vor sich.