Der Beginn der Isener Pfarrgeschichte ist nicht mehr exakt zu ermitteln. Früheste christliche Spuren in unserer Gegend stammen aus dem ersten Jahrtausend:
- das Patrozinium des hl. Laurentius in Weiher verweist in die Römerzeit vor 400n.Chr.
- um 747 wurde in Isen eine „domus sancti Zenonis“ („Haus des hl. Zeno“) mit Vermögen und Grundstücken bedacht. Dieses „Zenohaus“ war die Grundlage für ein Benediktinerkloster, das während der Ungarneinfälle im 9. Jahrhundert zugrunde ging und 1025 als Kollegiatsstift wieder errichtet wurde.
Einerseits waren Benediktinermönche ursprünglich meist keine Priester und durften auch keine Funktion als Pfarrer ausüben, andererseits ist es undenkbar, dass die Isener Mönche keine Pfarrseelsorge betrieben.
- von 1025 an unterstand das Kollegiatsstift vollständig dem Bischof von Freising. Dieser setzte in Isen einen Weltpriester als Pfarrer ein („plebanus“). Der letzte vom Freisinger Bischof eingesetzte Weltpriester war ein „Hainricus“, der um 1228 erscheint.
- Seit 1228 hatte das Kollegiatsstift Isen, das eine Art Priester-Wohngemeinschaft darstellt, das Pfarrvikariat über Isen inne.
Obwohl die Pfarrer von Isen seit 1228 aus den Reihen der Isener Kollegiatsherren stammten, war die Kollegiatskirche St. Zeno nicht die Pfarrkirche. Diese Funktion hatte die Allerseelenkirche.
- Die Allerseelenkirche ist auf dem Stich von Merian (um 1650) als gotische Kirche dargestellt. Daraus kann man schließen, dass der Bau etwa zu der Zeit erbaut wurde, als die Kollegiatsherren die Pfarrei Isen übernahmen. Ob dabei eine frühere Kirche überbaut wurde, ist nicht mehr festzustellen.
- Die Allerseelenkirche war bis 1803 die Pfarrkirche für Isen. Die Isener
Kollegiatsherren betreuten außerdem die inkorporierten Pfarreien Schwindau (seit 1356), Walpertskirchen (1358), Burgrain-Mittbach (1458), Lengdorf (1738), außerdem die Kirchen in Innerbittlbach (seit 758), Weiher (825) und Schnaupping (1226).
Nach der Säkularisation 1802/03 wurde das Kollegiatsstift Isen aufgehoben. Seelsorge galt von nun an als Dienstleistung, die nach ökonomischen Gesichtspunkten stattzufinden hatte. Aus diesem Grunde wurden die Allerseelen- und die Johanniskirche abgerissen, Die St. Zeno-Kirche blieb für beinahe 20 Jahre verschlossen und wurde dann Pfarrkirche der Pfarrei Isen. Seitdem betreuten zwölf Pfarrer unser Pfarrgebiet: Johann Hibler, Caspar Lex, Josef Schmid, Sebastian Böhm, Johann Mutzl, Karl Zerrar, Georg Haberstock, Josef Koller, Josef Sammereyer, Johannes Neubauer, Robert Hlawitschka und seit 2006 Josef Kriechbaumer.
- Infolge des Priestermangels wurde 1980 der Pfarrverband mit der
Nachbarpfarrei Lengdorf gegründet, 1995 geschah dasselbe mit der Pfarrei
Pemmering. - Unabhängig von der Pfarrgeschichte existierte von 1284 bis 1803 eine Herrschaft Burgrain, durch die der Freisinger Bischof seine weltlichen Ansprüche durchsetzte.
Reinold Härtel