Der Bischof von Freising inkorporierte 1221 die Kirche von Tuntenhausen dem Augustinerchorherren-Kloster Beyharting, das bis zur Säkularisation für fast 600 Jahre die Wallfahrt seelsorgerlich betreuen sollte.
Ein Pilgerzug ist erstmals für das Jahr 1315 überliefert. Missernten wegen nasskalter Witterung mit einer europaweiten Hungersnot mögen der Grund dafür gewesen sein. Schriftlich ist ein erstes Mirakel für das Jahr 1441 überliefert.
Eine Frau aus dem nahen Weiler Brettschleipfen, die 11 Jahre lang an starken Schmerzen und einem geschwollenen Bauch gelitten hatte, ging auf Geheiß der Muttergottes, die ihr im Schlaf erschienen war, drei Samstage nacheinander nach Tuntenhausen und opferte dort so viel Garn, damit daraus ein neues Altartuch gefertigt werden konnte. Darauf ist die Geschwulst und aller Schmerz vergangen.
Viele derartige Geschehnisse wurden im Laufe der Jahrhunderte in Mirakelbüchern aufgezeichnet. Sie umfassen den Zeitraum von 1506 bis 1738 und sind heute in der bayerischen Staatsbibliothek verwahrt.
Das aufstrebende Wallfahrtswesen machte 1470/1480 den Neubau einer Kirche notwendig, die 1548 durch einen Brand aber stark beschädigt wurde. Ströme von Wachs der gespendeten Opfergaben sollen sich dabei in den Ort ergossen haben.
Im Zuge der Gegenreformation unterstützen die bayerischen Herzöge vermehrt die Kirche und wallfahrteten selbst, auch zu Fuß, nach Tuntenhausen. Als Probst Gering vom Kloster Beyharting im Jahr 1624 eine Rosenkranz-Bruderschaft gründete, traten dieser in den beiden folgenden Jahren schon über 2.000 Mitglieder bei. Im Laufe der Jahrhunderte traten ihr über 40.000 Mitglieder bei. Kurfürst Maximilian I., ein glühender Marienverehrer, förderte nachhaltig den Neubau der heutigen Kirche. Er stiftete den Hochaltar, der das vorhandene Gnadenbild aufnahm, und zuoberst zwei Schilde trägt mit dem Titel der Muttergottes von Tuntenhausen, „Virgo potens“, mächtige Jungfrau.
Die Kirche birgt heute noch viele Votivkerzen hierher wallfahrender Pfarreien über dem Chorgitter und der Tür zur Sakristei, die älteste aus Rosenheim von 1660. Obwohl im Zuge der Säkularisation fast alle Votivtafeln vernichtet werden mussten, zieren heute wieder zahlreiche Votivbilder die Innenwände des viel durchbeteten Kirchenraums und 52 Mirakelbilder schließen sich wie ein buntes Band um die Außenfassade der ganzen Kirche.
Um ihre Bedeutung als Wallfahrtsort und als Hort gegen die Religionsfeindlichkeit des Nationalsozialismus zu unterstreichen, erhob Papst Pius XII. die Kirche zur Basilika.
Die Anziehungskraft des Gnadenbildes für Pilger aus Altbayern und Tirol, aus unterschiedlichen Gruppierungen und Beweggründen, für Einzelbesucher und Radfahrer hat sich bis heute erhalten.
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