Der hl. Sebastian genießt seit alter Zeit im deutschen Volk hohe Verehrung, da er als Patron gegen ansteckende Krankheiten gilt. Als 1564 die Pest in Bayern wütete, baute man ihm zu Ehren in Aibling eine kleine Kapelle. Wieder hielt die Pest ihren Einzug im Gefolge des Dreißigjährigen Krieges. Wieder wandten sich die Aiblinger Bürger um Hilfe an den hl. Sebastian, indem sie 1634 4000 Gulden zum Bau einer Kirche zu Ehren des hl. Sebastian verwendeten. Den Löwenanteil leistete der hiesige Weinwirt Veit Katzl. Dabei wurden auch die Sebastiansbruderschaft eingeführt, deren Hauptfest jedes Jahr am Sebastianstag unter reger Teilnahme des Volkes gefeiert wird. Bei dem großen Brand 1765 brannte die Kirche völlig ab bis auf die Umfassungsmauern, wurde aber durch Sammlungen und Beiträge anderer Kirchen sogleich wieder aufgebaut mit einem Kostenaufwand von 13.527 Gulden und 1789 durch den Weihbischof Johann Nepomuk Wolf von Freising geweiht. 1830 schlug der Blitz in die Turmkuppel und richtete großen Schaden an; als im Jahre 1872 mehrere benachbarte Gebäude abbrannten, wurde auch diese Turmkuppel ein Raub der Flammen, worauf die Kirche den jetzigen Spitzturm erhielt.
Die Kirche ist ein tonnengewölbter Saalbau, dessen Ecken abgerundet sind. Das Innere der Kirche wurde 1826/27 restauriert, wobei die Fresken des Kirchenschiffes, die unter der Tünche verborgen waren, wieder aufgedeckt wurden. Diese Deckengemälde sind von dem einheimischen Maler Johann Georg Gail, die Altarblätter der beiden Seitenaltäre von dessen Sohn Franz Gail. Während auf dem einen Seitenaltar die Gottesmutter abgebildet ist, macht uns das Altarbild des anderen Seitenaltars auf die geschichtliche Tatsache aufmerksam, daß von dem Abkömmling einer Aiblinger Adelsfamilie in grauer Vorzeit auf Grund zum Kloster Georgenberg bei Schaz gelegt wurde. Es ist nämlich darauf das Bild der Pieta zu sehen, wie es der Hochaltar in Georgenberg zeigt, ferner der selige Ratoldus, der Stifter von Georgenberg, neben dem Patron Aiblings, dem hl. Ritter Georg.
Der schwungvoll bewegte Hochaltar der Sebastianskirche mit seinen Figuren ist ein Werk des schon genannten Bildhauers Josef Götsch. Das schöne Relief des hl. Bruder Konrad links vom Eingang der Kirche stammt aus der Hand des Bildhauers Wilhelm Köglsberger.