Als die Aiblinger Kirche Pfarrkirche wurde, blieb der Pfarrsitz noch lange in Ellmosen. Erst im Jahre 1482, als die Brüder Gundelhofer der Pfarrkiche eine Hube auf dem Hofberg schenkten, wurde dieselbe der Pfarrhof, und der Pfarrer verlegte seinen Sitz nach Aibling. Die Pfarrkirche steht hoch über der Stadt, eine monumentale Stiege aus Stein führt von der Stadt hinauf. Die jetzige Kirche stammt zum größten Teil aus der ersten Hälfte des 15. Jahrhunderts. Über die Zeit des Kirchenbaues gibt uns einzig Aufschluss eine im Pfarrarchiv befindliche Urkunde, in welcher eine Buße zum Kirchenbau in Aibling festgesetzt wird, ausgefertigt in Freising "am Pfinztage vor sand Bartholomäustage des heyligen zwelffpoten 1431". 1663 wurde die Kirche einer Renovation unterzogen und mit neuen Kirchenstühlen versehen. Um diese Zeit bemühte man sich allenthalben um Reliquien aus einem Martyrergrab in den Katakomben Roms. Dem Pflegekommissär Ernst Zöpf gelang es, durch Vermittlung eines Jesuitenpaters 1673 den hl. Leib eines Martyrers unter den Namen Honoratus aus dem Cömeterium der hl. Cyriaka zu erhalten, der mit bischöflicher Genehmigung zur öffentlichen Verehrung ausgesetzt werden durfte.
Der Pflegekommissär Andreas Rieder ließ 1628 einen Kreuzaltar vor das Presbyterium hinstellen, der 500 Gulden kostete. Seine Witwe stiftete dazu mit 400 Gulden ein ewiges Licht. Da dieser Altar an einem sehr ungeeigneten Platz stand, ließ ihn später Pfarrer Stuber in das Presbyterium versetzen. Ein weiterer Altar, genannt zu den sieben Zufluchten, wurde 1697 unter dem Portal der Kirche errichtet, jedoch 1804 abgebrochen. Ursprünglich durften Kreuzwege nur in den Kirchen der Franziskaner errichtet werden. Als Papst Innozenz XII. die Errichtung von Kreuzwegen in allen Kirchen gestattete, ließ Pfarrer Dinzenhofer 1734 druch den den Maler Hans Höttinger auf eigene Kosten den heute in der Kirche befindlichen Kreuzweg anfertigen, eine verhältnismäßig gute Arbeit. Die Aufsätze auf den einzelnen Stationen sind ein Werk des hiesigen Bildhauers Wilhlem Köglsberger.
Nachdem die Kirche bei der wachsenden Seelenzahl nicht mehr ausreichte, stand man vor der Frage, ob man die bestehende Kirche niederreißen und neubauen oder ob man sie anbauen sollte. Man ließ den berühmten Münchener Stadtbaumeister Johann Michael Fischer kommen und entschied sich auf seinen Rat zur Verlängerung der Kirche. Nach seinem Plan erfolgte in den Jahren 1754 und 1755 durch den tüchtigen Maurermeister Abraham Millauer von Haustatt der Anbau nach Westen. Man entfernte die gotischen Gewölberippen und hüllte die Kirche in das Gewand des Rokoko.
Von der alten Kirche finden wir nur mehr zwei Überreste, nämlich die Gottesmutter auf dem Hochaltar, darstellend das Weib der geheimen Offenbarung mit der Sonne bekleidet, den Mond unter den Füßen und eine Krone von zwölf Sternen auf dem Haupte. Diese Figur stammte aus dem ersten Viertel des 16. Jahrhunderts und wurde früher als wundertätiges Gnadenbild verehrt. Aus der gleichen Zeit stammt auch der marmorne Taufstein mit der Taufszene aus dem Jordan.
Die Kirche ist in ihrer jetzigen Gestalt ein weiträumiger Saalbau mit eingezogenem kurzem Altarraum und dreiseitigem Schluß. Die Rokokostukkaturen von dem einheimischen Meister Thomas Schwarzenberger und Fink aus Erding sind ausgezeichnet. Die untere Brüstung der doppelten Westempore ist durch den sparsamen verteilten naturalistischen Blumenschmuck sehr geschmackvoll gegliedert. Bemerkenswert sind auch die schwungvollen Deckengemälde von Martin Heigl, einem der besten Schüler des bekannten Johann Baptist Zimmermann und von Josef Anton Wunderer, welche, von hinten angefangen, den Tod Mariens, ihrer Himmelfahrt und ihre Verherrlichung durch alle Völker der Erde darstellen.
Der Hochaltar stammt in seiner jetzigen Gestalt aus dem Jahre 1856 im Zug einer neuerlichen Kirchenrenovation, bei welcher die oben erwähnte throhnende Madonna durch ein Gemälde des Malers Wilhelm Asselborn aus der Nazarenerschule ersetzt wurde, auf welchem Maria mit dem Kinde zwischen dem hl. Benno und dem hl. Georg abgebildet war. Dieses Bild entsprach weder in der Komposition noch in der Farbe. Glücklicherweise wurde es bei der Maiandacht 1937 durch Brand zerstört, so daß die obengenannte Figur der Gottesmutter wieder ihren alten Platz erhielt. Der Hochaltar wurde 1941 durch eine große Zahl von Ornamenten aus der Hand des Bildhauers Wilhelm Köglsberger bereichert.
Im Altarraum befinden sich zwei Nebenaltäre, von denen der nördliche die Reliquien des hl. Honoratus birgt. Über demselben erhebt sich eine Kreuzigungsgruppe mit Figuren in Überlebensgröße, ohne Zweifel eine Arbeit des Aiblinger Bildhauers Josef Götsch, des tüchtigen Gehilfen des großen Ignaz Günther, der ihn auch bei der Altarausstattung der Klosterkirche in Rott am Inn beizog. Von demselben Meister stammt auch die Figur des hl. Nepomuk auf dem gegenüberliegenden Altar.
Die beiden Seitenaltäre im Schiff der Kirche weisen Gemälde auf, welche die Überreichung des Skapuliers an den hl. Simon Stock durch die Gottesmutter und die Steinigung des hl. Stephanus darstellen. Auch diese Gemälde sind eine Schöpfung Heigls, wie eine Inschrift auf der Rückseite des letzteren Bildes besagt: "Diesen Altar hat Ao. 1761 der geistl. Herr Johannes Michael Gampperl p.t. Kooperator in Aybling durch Herrn Josef Götsch, Bildhauer allhier per 200 fl Machen lassen und durch H. Blasi Vicelli, dermal Chfr. priv. Maler zu München fassen und durch H. M. Heigl, Chfr. pric. Maler in München dieses Blatt malen lassen."
In der Kirche befinden sich mehrere Marmorgrabsteine aus dem 16. bis 18. Jahrhundert, ebenso außen an der Nordseite, darunter der Grabstein der Familie Prant. Der älteste Grabstein für Pfarrer Wolfgang Hagedorn stammt aus dem Anfang des 16. Jahrhunderts.
An der Außenwand des Chores hängt ein Kruzifix von hoher künsterlischer Qualität aus dem Anfang des 17. Jahrhunderts. Dasselbe stammt aus der ehemaligen Prämonstratenserkirche von Schäftlarn, wurde bei der Säkularisation von Privaten eingesteigert und kam durch Schenkung in den Besitz der Kirche.
Der gotische Sattlturm wurde bei der Erweiterung der Kirche 1756 in einen Kuppelturm verwandelt. Die größte Glocke, 46 Zentner schwer, gegossen 1894 von Ulrich Kortler in München, wurde unter der Vormundschaft für Josef Arco-Zinneberg samt dem eisernen Glockenstuhl von Konrad Graf Preysing-Lichtenegg-Moos gestiftet. Die zweite Glocke mit 24 Zentnern und die vierte mit 9 Zentnern stammen von Bernhard Ernst in München 1668 bzw. 1638. Die dritte Glocke wiegt 15 Zentner und wurde von Leonhard Keller in München bereits 1518 gegossen. Außerdem gehörten zum Geläute zwei kleine von Anton Josef Bachmaier in Erding gegossene Glocken im Gesamtgewicht von 6,50 Zentnern. Sämtliche Glocken mit Ausnahme der ältesten mußten im zweiten Weltkrieg abgeliefert werden. Doch war es ein großes Glück, daß nach Kriegsende die Glocken außer den zwei kleinsten wieder zurückkehrten, von der Pfarrgemeinde auf das freudigste empfangen.
An der Nordseite der Kirche war ein Anbau für die Kapuziner aus Rosenheim, von denen seit 1675 bis 1801 immer ein Pater hier in der Fastenzeit Wohnung nahm, um die Fastenpredigten zu halten und Osterbeichten abzunehmen. Dieser Bau wurde 1802 bis auf einen kleinen Rest, der heute noch steht, abgebrochen. Übrigens hörte diese Tätigkeit der Kapuziner von selbst auf, da im folgenden Jahr das Kapuzinerkloster in Rosenheim aufgehoben wurde.