Der Name des Ortes taucht um 1050 in einer Tegernseer Urkunde als Sigohohesprunnen auf. Damit soll zum Ausdruck gebracht werden, dass ein Edelmann namens Sigoho durch den Bau eines Tiefbrunnens die Möglichkeit zur Ansiedlung geschaffen hat.
Siegertsbrunn wurde noch im Mittelalter ein ansehnliches Dorf und soll in der ersten Hälfte des 16. Jahrhunderts bereits 41 Hausnamen gehabt haben. Die Wallfahrt zum Hl. Leonhard in Siegertsbrunn kommt im 15. Jahrhundert in Blüte. Nachdem Siegertsbrunn bis in die jüngste Zeit dem Pfarrer von Hohenbrunn unterstand und dieser Ort wiederum dem Kollegiatsstift St. Andrä in Freising gehörte, wurde von Freising aus ein Wallfahrtsbenefizium gegründet; dies war 1460.
Ab 1468 hat Siegertsbrunn in lückenloser Reihenfolge für die Wallfahrt einen eigenen Priester, deren erster in der Pfarrchronik mit Ambrosius Prummeier angegeben wird; sein Grabstein mit seinem Wappen befindet sich heute noch in der hiesigen St. Peterskirche, die am 1. Mai 1956 zur Pfarrkirche der Pfarrei St. Peter erhoben wurde.
(Quelle: Die Kirchen von Siegertsbrunn, herausgegeben im Auftrag des Kath. Pfarramtes Siegertsbrunn Text: Dr. Andreas Huber, München Auflage 1974)
2007 begann eine umfassende Sanierung des Innenraums der Kirche.
18 Monate später, am 23. November 2018, zelebrierte der Erzbischof von München und Freising, Reinhard Marx, die Altarweihe.