Die Kirchenstiftung gilt rechtlich als juristische Person und verfügt damit – ähnlich wie ein Unternehmen – über Rechte und Pflichten. Sie gehört zur Gruppe der kirchlichen Stiftungen, die ausschließlich oder überwiegend kirchlichen Zwecken der katholischen Kirche in Bayern gewidmet sind. Das umfasst insbesondere den Gottesdienst, die Verkündigung, die Bildung, den Unterricht, die Erziehung oder das Wohlfahrtswesen (vgl. Art. 1 Abs. 1 KiStiftO). Dafür ist sie Eigentümerin der jeweiligen kirchlichen Gebäude (Kirche, Pfarrheim, Pfarrhaus usw.) und evtl. weiterer Immobilien (Wohnungen, landwirtschaftliche Nutzflächen, Wald usw.). Mit ihrem Vermögen, so wie dem Ertrag aus diesem Vermögen, werden die „ortskirchlichen Bedürfnisse“ bedient. Sie ist Arbeit-/Dienstgeber der Menschen, die für die Kirchenstiftung arbeiten, wie beispielsweise Mesner/-in, Hausmeister/-in, Sekretär/-in, Putzkraft, Kirchenmusiker/-in etc. Oftmals hat eine Kirchenstiftung auch die Trägerschaft einer Kindertagesstätte (v.a. Kindergarten) übernommen. In der Regel gehört das Gebäude der Kita zur Kirchenstiftung und diese ist auch Arbeit-/Dienstgeber für das pädagogische Personal (Erzieher/-innen und Kinderpfleger/-innen).
Pastorale Mitarbeiter (Priester, Diakon, Pastoralreferent/-in, Gemeindereferent/-in) einer Pfarrei/ eines Pfarrverbands sind nicht bei der Kirchenstiftung, sondern bei der Erzdiözese München und Freising angestellt und für den jeweiligen Pfarrverband/ die jeweilige Pfarrei an-/ zugewiesen. Einige Pfarreien besitzen neben der Pfarrkirche auch eine oder mehrere Filialkirchen (lat.: Filius = der Sohn, Filia = die Tochter). Diese können teilweise eine eigene Kirchenverwaltung haben.