Nicht erst seit dem Wegzug der letzten Schwester, schon lange vorher wurden weite Teile des Klosters Altomünster nicht mehr bewohnt. In den Bauunterhalt wurde in den letzten Jahrzehnten kaum etwas investiert und der bauliche und technische Zustand des Klosters kann als desolat bezeichnet werden. Dies alles hat der jahrhundertealten Bausubstanz schwer zugesetzt. Es ist offensichtlich, dass das Kloster lange auf Substanz gelebt hat und ein Instandhaltungsrückstau angewachsen ist.
Der Zustand der Gebäude des Klosters Altomünster ist in mehrfacher Hinsicht kritisch und bedarf einer grundlegenden Analyse durch Fachexperten und Sachverständiger der einzelnen Gewerke. Aus diesem Grund hat die Erzdiözese einen Brandschutzsachverständigen und einen Statiker mit einer ersten Einschätzung beauftragt. Bei einer Ortsbesichtigung mit Fachleuten aus dem Landratsamt Dachau wurde von diesen am 05.04.2017 die sofortige Schließung des Klosters angeordnet, um bestehende Gefahren für Leib und Leben abzuwenden. Damit war ab sofort ein Wohnen im Kloster untersagt. – Auch das Leitungswasser wurde untersucht. Die Wasseruntersuchung hat einen sehr hohen Legionellenbefall ergeben; erste Schutzmaßnahmen wurden durchgeführt. Nach derzeitigen Erkenntnissen muss davon ausgegangen werden, dass es einer erheblichen Sanierung der Heizungsanlage, der gesamten Trink- und Brauchwasserversorgung bedarf. Auch die erste Besichtigung des Statikers hat ergeben, dass ein Teil des Daches instabil ist. Eine generelle Instandsetzung der elektrischen Gebäudeinstallation wird notwendig sein, um wieder den derzeitigen Stand der Technik und eine normenkonforme Installation zu erreichen. Großteile der Wände, Decken und Böden wurden über viele Jahre lediglich kleinteilig ausgebessert, so dass es nun aller Voraussicht nach einer bis in die Substanz reichenden Sanierung bedarf. Dazu kommen Feuchtigkeit im Gemäuer, extremer Schimmelbefall und Ungeziefer, zerbrochene Fliesen, herabfallender Putz …
Bereits vor der Übergabe des Klosters an das Erzbistum musste die Apostolische Kommissarin Sr. Gabriele Konrad Umbaumaßnahmen in dem historischen Klostergebäude stoppen, um eine weitere Schädigung und unkoordinierte Eingriffe in die Substanz zu verhindern. Diese waren weder durch das Amt für Denkmalschutz genehmigt noch lag ein Finanzierungsplan vor.
Das Erzbistum München und Freising rechnet mit sehr hohen Investitionen, die allein zur Ertüchtigung der Bausubstanz und für zwingend erforderliche Brandschutzmaßnahmen aufgewendet werden müssen.