In der Freisinger Bischofskonferenz sind die Bischöfe und Erzbischöfe der sieben bayerischen Diözesen und Erzdiözesen sowie der Bischof der Diözese Speyer vertreten. Sie dient der Förderung gemeinsamer pastoraler Aufgaben, der gegenseitigen Beratung und der notwendigen Koordinierung der kirchlichen Arbeit. Ihr Vorsitzender ist der Erzbischof von München und Freising, Kardinal Reinhard Marx.
Die Mitglieder der Freisinger Bischofskonferenz (FBK) treffen sich zweimal im Jahr: zu einer Frühjahrs- und einer Herbstvollversammlung. Vertreten sind zwei Kirchenprovinzen: Die Erzdiözese München und Freising, zu deren Kirchenprovinz die Bistümer Augsburg, Regensburg und Passau zählen, sowie die Erzdiözese Bamberg, zu der die Bistümer Würzburg, Eichstätt und aus historischen Gründen auch Speyer gehören.
Die eigenständigen Tagungen der FBK, auch Bayerische Bischofskonferenz genannt, finden seit 1867 statt. Seit 1933 gehört die FBK zugleich der Fuldaer Bischofskonferenz an, die sich später in Deutsche Bischofskonferenz umbenannte.
Das Katholische Büro Bayern (KBB) hat die Funktion einer Kontaktstelle zur Bayerischen Staatsregierung, zum Landtag, den kommunalen Spitzenverbänden, den Vertretern von Wirtschaft und Gewerkschaften, den Repräsentanten der Gerichtsbarkeit, zu Landesbehörden und überregionalen Körperschaften sowie zu Verbänden und Organen der öffentlichen Meinungsbildung. Es behandelt grundsätzliche Fragestellungen landesweiter Art, die über die Belange eines einzelnen Bistums hinausgehen.
Zu den Aufgaben gehört es, Aufträge der Freisinger Bischofskonferenz und ihres Vorsitzenden umzusetzen sowie in die Konferenz Vorschläge einzubringen. Entwicklungen in der Öffentlichkeit werden beobachtet, zu wichtigen Entscheidungen und Vorhaben - insbesondere zu Gesetzesvorhaben - nimmt das KBB Stellung. Unbeschadet der Eigenständigkeit anderer landesweit und überregional wirkender Einrichtungen und Organisationen der katholischen Kirche wird deren Tätigkeit durch das KBB unterstützt und in gemeinsamen Fragestellungen koordiniert.
Dies betrifft vor allem die Tätigkeit der Katholischen Landesarbeitsgemeinschaft für Erwachsenenbildung in Bayern, der Landesstelle für Katholische Jugendarbeit und des Bundes der Deutschen Katholischen Jugend in Bayern sowie des Landesverbandes Bayern der Caritas. Die Landesstellen ihrerseits beraten und unterstützen das Katholische Büro entsprechend ihrer spezifischen Sachkompetenzen. Engen Kontakt hält das KBB zum Landeskomitee der Katholiken in Bayern, das eigenständig die Katholikenräte, kirchlichen Verbände und freien kirchlichen Initiativen aller bayerischen Bistümer repräsentiert.
Im Überdiözesanen Fonds Bayern (ÜDF) arbeiten die bayerischen Diözesen und Erzdiözesen Bamberg, München und Freising, Augsburg, Eichstätt, Passau, Regensburg und Würzburg zusammen. Der ÜDF verfolgt ausschließlich und unmittelbar kirchliche, mildtätige und gemeinnützige Zwecke, die selbstverständlich allen Menschen offen stehen.
Der ÜDF fördert mehr als 60 Institutionen. Zuschüsse erhalten beispielsweise die Katholische Universität Eichstätt-Ingolstadt, die Katholische Stiftungshochschule und die Katholische Akademie in Bayern, aber auch Einrichtungen wie die Landesstelle für Katholische Jugendarbeit. Landesverbände etwa des Sozialdiensts katholischer Frauen (SkF) oder des Katholischen Deutschen Frauenbundes (KDFB) sind ebenfalls Zuschussnehmer.
Der ÜDF verfügt über kein eigenes Vermögen, sondern finanziert sich ausschließlich aus den Einzahlungen der bayerischen Diözesen, die ihrerseits ihre Beiträge aus Kirchensteuern finanzieren. Die Körperschaft veröffentlicht jährlich einen Jahresabschluss und einen Lagebericht. Dabei kommen die Vorschriften des Handelsgesetzbuches vollständig zur Anwendung.
Im Frühjahr 2020 fand wegen der Coronapandemie keine Vollversammlung statt.