Über die Sakristei der ehemaligen Kloster- und heutigen Pfarrkirche St. Sebastian in Ebersberg gelangt man in das Obergeschoss. Hier wird in einer Kapelle die kostbare Reliquie des hl. Sebastian aufbewahrt, die durch den ersten Propst des im 10. Jahrhundert gegründeten Chorherrenstifts von Rom nach Ebersberg gebracht wurde.
1668 Einbau der Kapelle unter der Leitung des Münchener Jesuitenbruders Heinrich Maier / 1669 Bischof Albrecht Sigismund stiftet für die Kapelle / 1671 Errichtung des barocken Marmoraltars / 2012-2014 Konservierung und Neuordnung
Der rechteckige Raum ist überwölbt und die Raumschale überbordend mit Stuck ausgestattet. Zwischen Pilastern und Gesimsen beleben üppige Fruchtgehänge mit Vasen und Engelsköpfchen die Wandflächen und rahmen barocke Ölgemälde ein, die teilweise vom Martyrium des hl. Sebastian erzählen. An der Nordwand steht der barocke Altar und an den Wänden sind Schränke mit gläsernen Schautüren eingebaut, die für eine Vielzahl an Heiligengebeinen geschaffen wurden. So konnte der Gläubige eine wahre Fülle an Heiligen auf engsten Raum sehen und erfahren, wodurch der Besuch der Kapelle zu einem besonders geheiligten und wundersamen Erlebnis wurde.
Außen fasst eine barocke Stuckrahmung mit Segmentgiebel die schmiedeeiserne Türe mit einem höchst kunstfertig verzierten Schloss und massiven Eisenbändern ein. Zusätzliche rautenförmige Verstrebungen unterstreichen die Bedeutung der hier verwahrten Kostbarkeit. Sie öffnet sich nach außen und gibt den Weg zum inneren, zweiflügligen Nussbaumportal frei, das in der Mitte eine Herme mit einem Fruchtkorb auf dem Kopf als Zeichen der hier lagernden Schätze zeigt.
An der Nordwand erhebt sich das Salzburger Rotmarmorretabel, das 1671 für die Kapelle geschaffen wurde. Über der Mensa steigen auf hohen Sockeln zwei Säulen mit korinthischen Kapitellen auf, die das profilierte Gesims mit dem Segmentgiebel tragen. Am Altarblatt sorgen sich Engel um den gemarterten, mit Pfeilen durchbohrten Sebastian und an der Kartusche im Auszug darüber steht das Motto des Altars: S. Sebastiane – ora pro nobis: hl. Sebastian, bete für uns!
Das wertvollste Kunstwerk der Kapelle ist das spätgotische Kopfreliquiar, das in der 2. Hälfte des 15. Jahrhunderts entstanden ist. Es wurde aus Silber gefertigt und birgt die Hirnschale des hl. Sebastian. Mit Hilfe eines Mechanismus kann am Kopf die gefasste Hirnschale freigelegt werden, aus der früher die Pilger Wein getrunken haben sollen. Als sprechendes Reliquiar zeigt die kostbare Arbeit den Heiligen als Büste in der Gestalt eines spätgotischen Fürsten mit entsprechendem Hut und prachtvollem Gewand. In seiner Brust steckt ein Pfeil.